مهمترين اثر حكيم مؤسس است . اين تعليقات حاوى مهمترين مباحث امور عامه است . مباحثى كه آقا على در اين تعليقات مطرح كرده ، در ديگر آثار وى كمتر مطرح شده است . بىشك مهمترين اثر بجا مانده آقا على در بحث امور عامه ، تعليقات شوارق وى است . مهمترين عناوين مسائلى كه در اين تعليقات مورد بحث قرار گرفته عبارت است از : بداهت وجود ، اشتراك وجود ، زيادت وجود بر ماهيت ، وجود ذهنى ، اصالت وجود ، وجود مطلق و مقيد ، معقولات ثانيه ، تمايز اعدام ، مواد ثلاث ، و بويژه اعتبارى بودن آنها ، تقسيم مواد به بالذات و بالغير ، وجه نياز به علت ، قدم و حدوث ، خواص واجب ، اقسام امكان ، مباحث حمل ، امتناع اعادهء معدوم ، اعتبارات ماهيت ، اجزاء ماهيت ، تشخص ماهيت ، وحدت و كثرت ، اقسام و احكام علت ، احكام علت تامه ، احوال فاعل و احوال علت غايى . نكته‌اى كه بر ارزش اين تعليقات مىافزايد ، نقدهاى حكيم مؤسس بر ديگر محشين شوارق بويژه جناب ملا اسماعيل است ، كه آقا على از او با تعابير احترام‌آميزى همچون « الحكيم البارع المتأله عظم الله تقديسه » يا « الحكيم البارع المحقق رفع الله تقديسه » ياد كرده است . لازم به ذكر است كه آقا على در تعليقات اسفارش ( ص 534 ) به تعليقات شوارق خود استناد كرده است . مشخصات نسخهء خطى تعليقات الشوارق به اين شرح است : حواشى خطى بر شوارق چاپ سنگى تهران ، 1299 ه . ق . طبع عبد الحسين بن آخوند ملا محمد على خراسانى ، خط متن از محمد حسن ، در اين چاپ سنگى حواشى ملا اسماعيل اصفهانى نيز به چشم مىخورد . كاتب حواشى آقا على مدرس و تاريخ كتابت آن مشخص نيست . از اين كه بعد از نام آقا على دامت افاضاته آمده است ، معلوم مىشود تاريخ كتابت آن بين 1300 تا 1307 است . اين نسخه متعلق به كتابخانهء شخصى فاضل محترم آقاى حسن شفيعيان در قم مىباشد . ( ش ) اما كاملتر از نسخهء خطى فوق الذكر يكى از چاپ‌هاى سنگى شوارق با مشخصات ذيل است : شوارق الالهام چاپ سنگى تهران ، 1311 ه . ق طبع حاج رضا كتابفروش ، 239 صفحه ، خط متن از محمد تقى به تاريخ 1307 ، خط حواشى از احمد بن حسين التفرشى الطاوى الرازى به تاريخ ربيع المولود 1307 .